Bei Mukoviszidose können die Nasengänge durch sogenannte Nasenpolypen verstopft werden, so daß eine normale Nasenatmung nicht mehr möglich ist. Die Bildung von Polypen ist ein relativ häufiges Problem bei Mukoviszidose und betrifft jeden zweiten erwachsenen Patienten und jedes dritte Kind. Bemerkbar machen sich Polypen durch die behinderte Nasenatmung mit häufigem Schnupfen, gestörtem Schlaf, durch nächtliches Schnarchen oder durch einen beeinträchtigten Geruchssinn.Wenn durch Medikamente keine Besserung der Beschwerden erzielt werden, können die Polypen durch schonende Operationsverfahren entfernt werden. Sie treten allerdings trotz Operation häufig erneut auf.

Zu den oberen Atemwegen gehören auch die Nasennebenhöhlen. So bezeichnet man die luftgefüllten Hohlräume in den Nachbarknochen der Nasenhöhlen. Sie befinden sich immer paarig auf beiden Seiten der Nase. Sie sind beim Neugeborenen nur angedeutet vorhanden und wachsen mit zunehmendem Lebensalter bis sie ihre endgültige Größe beim Erwachsenen erreichen. Auch sind sie mit der typischen Schleimhaut der Atemwege ausgekleidet und über Gänge mit der Nasenhöhle verbunden. Bei fast allen Patienten mit Mukoviszidose sind die Nasennebenhöhlen im Röntgenbild verschattet, das heißt, sie sind mit Sekret und nich wie beim Gesunden mit Luft gefüllt. Wie die unteren Atemwege können auch die Nasennebenhöhlen dauerhaft mit Keimen besiedet sein. Dies kann bei einem Drittel der Mukoviszidose-Patienten zu wiederholten Entzündungen der Nasennebenhöhlen (Sinusitis) mit Fieber und Kopfschmerzen führen.