Bakterien sind Kleinstlebewesen, die sich selbständig vermehren und im Körper eine Infektion hervorrufen können.

Der zähe Bronchialschleim bei Mukoviszidose begünstigt das Einnisten sowie die Vermehrung von verschiedenen Bakterien; Pseudomonas und Staphylokokken spielen die wichtigste Rolle.

Staphylokokken kommen in Gruppen oder Haufen vor und bilden ein "Toxin", das der Körper mit einer Immunreaktion beantwortet. Pseudomonas aeruginosa findet sich vorwiegend in feuchter Umgebung.
Das Bakterium wandelt sein Erscheinungsbild (Phänotyp) mit der chrinischen Besiedlung, welche die typische Form bei Mukoviszidose darstellt. In diesem mukoiden (schleimumhüllten) Stadium ist der Keim mit Antibiotika besonders schwer angreifbar.

Durch Entzündungen kommt es zu einer Schädigung der Bronchialschleimhaut und des Lungengewebes. Die Bakterien können aus dem abgehusteten Sputum (Bronchialschleim) oder aus einem Rachenabstrich im Labor nachgewiesen werden (siehe auch Diagnistik).