Bei Mukoviszidose-Patienten erfolgt die Vorverdauung der Nahrung im Magen durch Salzsäure und Enzyme aus dem Magen zunächst normal. Bei unbehandelten Patienten und Ausfall der exokrinen Bauchspeicheldrüsenfunktion fehlen Bokarbonat und Wasser sowie die Enzyme zur Verdauung von Fett, Eiweiß und Kohlenhydraten. Die Galle aus der Leber kann normal oder verändert sein. Da die Nahrung im Dünndarm nicht genügend weiterverdaut werden kann, wird sie auch nicht vom Körper aufgenommen. Die Nahrungsbestandteile gelangen in den Dickdarm. Hier werden sie unter Bildung von Gas teilweise von den Darmbakterien verwertet. Der Rest wird mit dem Stuhl ausgeschieden.